Το 3ο Δημοτικό Σχολείο Ιωαννίνων έχει την επωνυμία «Μαρούτσειο», από τους Γιαννιώτες Σίμο και Λάμπρο Μαρούτση που είχαν εγκατασταθεί στη Βενετία και ασχολούνταν με το εμπόριο. Ίδρυσαν τη Μαρούτσιο Σχολή ή Μαρουτσαία που ήταν φημισμένη Ελληνική Σχολή στα Ιωάννινα.
Ήταν ένα από τους λίγους πνευματικούς φάρους του ελληνισμού. Διατηρείτο με τα έσοδα που έφερναν οι τόκοι του κληροδοτήματος πέντε χιλιάδων Δουκάτων που είχε καταθέσει ο Λάμπρος Μαρούτσης σε τράπεζα της Βενετίας «προς ίδρυσιν έδρας ιερών και κοσμικών επιστημών ελληνιστί και λατινιστί παραδιδομένων». Πρώτος σχολάρχης διορίστηκε ο Ευγένιος Βούλγαρης, ο οποίος άνοιξε νέους ορίζοντες στο πνευματικό στερέωμα της χώρας. Στην σχολή αυτή είχε συσταθεί σύλλογος από μια ομάδα μαθητών, ο οποίος στο όνομα της Αγίας Τριάδας δια των γραμμάτων θα φρόντιζε περί της ελευθερίας του Γένους. Μέλη της εταιρείας αυτής ήταν ο Κοσμάς ο Αιτωλός, ο διδάσκαλος Τυρνάβου Ιωάννης Πέζαρος και ο Πλαταμώνος επίσκοπος Διονύσιος. Ο Αθανάσιος Τσακάλωφ-Τεκελής, ο νεότερος από τους τρεις ιδρυτές της Φιλικής Εταιρείας, φοίτησε στη Μαρουτσαία Σχολή, την οποία διηύθυνε ο Α-θανάσιος Ψαλίδας. Η σχολή παρήκμασε όταν η Βενετία έπεσε στους Γάλλους και η κατάθεση στη Βενετική τράπεζα το 1797 χάθηκε. Λόγω έλλειψης πόρων έπαψε να λειτουργεί. Στη θέση της ιδρύθηκε η Καπλάνειος Σχολή.
Το 1961, το 3ο Δ.Σ Ιωαννίνων ανήκε στην εκπαιδευτική περιφέρεια Ζαγορίου-Μετσόβου και λειτουργούσε με 4 θέσεις (4/Θ). Καταργείται με Π.Δ στις 5/9/1980 και ιδρύεται ως 3ο 12/θ Μαρούτσειο Δημοτικό Σχολείο Ιωαννίνων με νέο Π.Δ στις 6/9/1980.
Προάγεται από 12/θ σε 13/θ το 1983 και από 13/θ σε 14/θ το 1985. Στη συνέχεια το 1989 υποβιβάζεται σε 12/θέσιο. Ταυτόχρονα, ιδρύεται το 22ο 6/θέσιο Δημοτικό Σχολείο Ιωαννίνων και συστεγάζονται στο ίδιο κτίριο.
Το 2011-2012 συγχωνεύεται με το 22ο Δ.Σ. σε 3ο 12/θέσιο Δημοτικό Σχολείο Ιωαννίνων. Σήμερα λειτουργεί με 12 τμήματα Γ.Π. και Τ.Ε. Έχει πιστοποιημένο Εργαστήριο Πληροφορικής. Στο Σχολείο υπηρετούν, επίσης, 3 εκπαιδευτικοί παράλληλης στήριξης- συνεκπαίδευσης.
Κάθε Δευτέρα λειτουργεί στο Σχολείο Επιτροπή Διεπιστημονικής Υποστήριξης (ΕΔΥ). Φοιτούν 210 μαθητές/τριες. Το Ολοήμερο Πρόγραμμα λειτουργεί με 3 υποτμήματα έως τις 15:00 και 2 τμήματα έως τις 16:00 με εγγεγραμμένους/ες 81 μαθητές/τριες.